מאז הצגתו בשנות ה-70, ניתוח מיקרוביאלי עבר פיתוח ושיפור מתמיד. בתחילה, הוא שימש בעיקר לאיתור דגימות סביבתיות, ובהמשך התרחב בהדרגה לתחומי הרפואה, החקלאות, הביו-הנדסה וכו'. עם התקדמות מתמשכת של הביוטכנולוגיה, ניתוח מיקרוביאלי חדש ושיפור מתמיד, והפך לשיטה אנליטית חשובה .
