העיקרון הבסיסי של ניתוח מיקרוביאלי הוא להשתמש במאפיינים ובפונקציות של מיקרואורגניזמים כדי לבצע ניתוח איכותי וכמותי של תרכובות בדגימות. באופן ספציפי, התרכובות בדגימה שתיבדק מומרות למוצרים הניתנים לזיהוי באמצעות ביולוגית מיקרוביאלית, ביולוגית ותגובות אחרות, ולאחר מכן מחושב ריכוז התרכובות בדגימה על ידי מדידת כמות המוצרים.
נהלי הפעולה של ניתוח חיידקים כוללים בעיקר את השלבים הבאים:
1. איסוף דגימות: איסוף דגימות מייצגות בהתאם למטרה ודרישות הניתוח.
2. טיפול מקדים לדוגמא: טפלו מראש בדגימות שנאספו, כולל ריסוק, הומוגניות ושלבים אחרים, כך שהתרכובות בדגימה ישתחררו במלואן.
3. חיסון והתרבות מיקרוביאלית: יש לחסן את הדגימות שטופלו מראש לתוך מצע תרבות מיקרוביאלי ספציפי, לשלוט בתנאי הטמפרטורה והלחות המתאימים, ולאפשר למיקרואורגניזמים לגדול ולהתרבות.
4. קבעו את כמות המוצרים: במהלך גידול ורבייה של מיקרואורגניזמים תיווצר כמות מסוימת של מטבוליטים. ריכוז התרכובות בדגימה נקבע על ידי מדידת כמות המוצרים הללו. שיטות קביעה נפוצות כוללות קולורימטריה, פלואורסצנטיות, ספקטרומטריית מסה וכו'.
